دانشکده علوم پزشکی علی اباد کتول در ساختمان مجزا در مرکز دانشگاه آزاد اسلامی علی اباد کتول در 5طبقه قرار دارد.
طبقه اول: ازمایشگاه بیوشیمی/میکروب/ فیزیولوژی/شیمی با جدیدترین امکانات اموزشی و ازمایشگاهی می باشد. در این طبقه اتاق عمل اموزشی با به روزترین امکانات اتاق عمل کشور به صورت یک اتاق عمل واقعی و استاندارد وجود دارد. همچنین کتابخانه تخصصی علوم پزشکی در این طبقه قرار دارد.
 
طبق دوم: ازمایشگاه های مدار و کنترل کیفی برای دانشجویان مهندسی پزشکی قرار دارد.
طبقه سوم: ازمایشگاه های مهندسی پزشکی و بهداشت حرفه ای و همچنین کلاس اناتومی و مرکز ازمون اسکی در این طبقه قراردارد.
مرکز اسکی دانشکده علوم پزشکی علی ابادکتول در8قسمت تفکیک شده به صورت استاندارد طراحی شده است. همچنین اتاق اعضای هیئت علمی واحد در این طبقه قرار دارد.
 
طبقه سوم: 7کلاس درسی به همراه سالن کنفرانس دانشکده علوم پزشکی در این طبقه قرار دارد. تمامی کلاس ها مجهز به امکانات اموزشی روز دنیا است
طبقه چهارم: اتاق اموزش پرستاری / اتاق اموزش پیراپزشکی/ دو اتاق پراتیک با جدیدترین امکانات روز اموزشی دنیا/ اتاق بهداشت/اتاق مدیران گروه و اتاق احیا قلبی ریوی
 
طبقه پنجم: رختکن و نمازخانه دانشکده قرار دارد